Уже 5 часов не могу понять в чем проблема.
http://jsfiddle.net/rom4i/krnxxw5f/
На карте примерно 10тыс. меток с включенным кластеризатором. Казалось бы работает всё хорошо, однако я заметил, что иногда почему-то при зуме изсчезают метки. Просто пропадают. На картинке, которую я сделал (http://i.imgur.com/16jhNXX.jpg), это хорошо продемонстрировано.
Если отключить кластеризацию, метки пропадать перестают. Но, как вы понимаете, когда 10 тысяч меток на карте это делать нельзя.