Добрый день. После получения маршрута можно установить опции сегментам как обычным полилиниям, но с префиксом route*Segment https://tech.yandex.ru/maps/doc/jsapi/2.1/ref/reference/multiRouter.MultiRoute-docpage/#param-options
спасибо, решил проблему так: // Стиль всего маршрута router.getPaths().options.set({ strokeColor: '0000ffff', opacity: 0.5 }); // Стиль первого сегмента маршрута (красного цвета)