При добавлениии на карту полигона с внутренним контуром через ObjectManager, у внутреннего контура появляется цвет заливки как у внешнего, а он должен быть прозрачный:
var om = new ymaps.ObjectManager({}); map.geoObjects.add(om); om.add([{ "type":"Feature", "id":404731962, "pid":6392, "geometry":{ "type":"Polygon", "coordinates":[[[40.834593,-74.302597], [40.87718,-73.996353], [40.747257,-74.066391], [40.834593,-74.302597]], [[40.834593,-74.222597], [40.85118,-74.096353], [40.801336,-74.118576], [40.834593,-74.222597]]]}, "properties":{}, "options":{ "fillColor":"rgba(186,158,96,.7)", "strokeWidth":1 } }]);
При добавлении через map.geoObjects.add(new ymaps.Polygon(...)) все рисуется нормально