Пример Оптимальное отображение множества меток не выводит объекты на карте

не пойму тогда, что не так? В АПИ прописал новую версию, https:// стояло:

ymaps.ready(init);

function init () {
var myMap = new ymaps.Map('map', {
center: [56.838314, 60.603127],
zoom: 10
}, {
searchControlProvider: 'yandex#search'
}),
objectManager = new ymaps.ObjectManager({
// Чтобы метки начали кластеризоваться, выставляем опцию.
clusterize: true,
// ObjectManager принимает те же опции, что и кластеризатор.
gridSize: 32
});

// Чтобы задать опции одиночным объектам и кластерам,
// обратимся к дочерним коллекциям ObjectManager.
objectManager.objects.options.set('preset', 'islands#greenDotIcon');
objectManager.clusters.options.set('preset', 'islands#greenClusterIcons');
myMap.geoObjects.add(objectManager);

$.ajax({
url:file://"data.json"
dataType:"json"
}).done(function(data) {
objectManager.add(data);
});

}

file://"data.json"
это синтаксическая ошибка

предлагаю попробовать запустить. Файл я поправил. Сейчас она просто не открывается.
Он у меня лежит в корне с HTML страницей.
https://yadi.sk/d/3OZFCvY7p6WE2

Подскажите также, если на карте более 2тысяч позиций с координатами будет, корректно ли они подгрузятся? Есть ли лимиты?

Там в песочнице есть экспорт на jsfiddle, используйте его

http://jsfiddle.net/yw2fugzg/ Понятно, что там меток не будет. Но с таким синтаксисом в локале он не грузит объекты. Нормально подгружает только если укажу путь:
url:"https://sandbox.api.maps.yandex.net/examples/ru/2.1/object_manager/data.json"

чтобы грузить метки с помощью $.ajax вам нужно разместить ваш файл на сервере, загрузка не будет работать из локальной папки
Вы можете запустить Apache или Nginx у себя на компьютере и загружать data.json с его помощью

http://stackoverflow.com/questions/17947971/ajax-in-jquery-does-not-work-from-local-file