Если вы имеере в виду сайты закрытые авторизацией, то это не проблема метрика на них работает так же как и на обычных открытых сайтах. Если это некие сетевые ресурся закрытые от сети интернет, то для работы метрики необходимо открытие доступа для отправки данных.

Главное, для закрытой части сайта установите "Запрет отправки страниц на индексацию" - чтобы приватная информация е утекла с сайта в кеш Яндекса, как было в случае с мегафоном.

http://help.yandex.ru/metrika/code/stop-indexing.xml