Давайте попробуем разобраться в вашей ситуации, но для этого нужен хотя бы домен, иначе все слишком абстрактно. Погрешность для разных сайтов разная, средняя погрешность - что то вроде средней температуры по больнице, узнать ее для вашего сайта можно сверив данные с данными полученными на основе изучения access лога. Основной единицей измерения в Метрике является "визит"(сессия) пользователя, теперь рассмотрим ваш эксперимент: вы сидите на вашем сайте (ваш визит уже идет), не дождавшись конца визита вы заходите с Google, Yahoo и др., ваш визит просто продолжается, Метрика считает, что у визита есть только одно начало (одна точка входа и одна точка выхода) и это отражается в статистике по "Источникам трафика". Иначе разные отчеты противоречили бы друг другу.
Хотя на "карте путей" вы увидите что маршрут Google->Ваш_сайт и Yahoo->Ваш_сайт имел место.