Здравствуйте!

Вы можете использовать как новый, так и тот же счётчик.

Если Вы будете использовать тот же счётчик - возможно отображение ошибки мониторинга на странице со списком счётчиков (так как мониторинг настроен на домен основного сайта). Просто не обращайте внимание на статус (жёлтый или красный), при верно установленном коде счётчика данные будут собираться корректно.

Я бы всё-таки рекомендовала Вам использовать именно один счётчик, и при необходимости посмотреть статистику только по поддомену, отсегментировать данные по просмотру интересующей Вас части сайта (сегментация по маске в категории "просмотр URL"). Уточню, что сегментация доступна только в бете новой версии сервиса https://beta.metrika.yandex.ru