не должно влиять

Скрипт //mc.yandex.ru/metrika.js  кешируется на один час и загзипован.
При нескольких счётчиках он скачивается один раз.
Дополнительный счётчик - это ещё один дополнительный хит (запрос для отправки данных).
Данные отправляются с помощью однопиксельной GIF-картинки асинхронно, т.е. не блокируют загрузку сайта.

Можно посоветовать не использовать несколько счётчиков на мобильных версиях сайтах, т.к. все ещё в ходу GPRS.
И не включать карту кликов более чем на одном счётчике.