Да, можно. Для этого надо написать в службу поддержки (http://feedback.yandex.ru/?from=metrika) с просьбой перенести счетчик номер такой-то из одного аккаунта в другой. Важно, чтобы при оформлении заявки вы были залогинены под тем аккаунтом, откуда надо перенести счетчик.