ага, скрипт проверки не выполняет js и вообще очень простой, он скачивает содержимое(даже не все, а небольшую часть) главной страницы и ищет там по шаблону код счетчика, при этом еще мы пытаемся отловить, что пользователь не поменял код счетчика случайно при копировании, для того чтобы снизить кол-во ситуаций когда код установлен, но из-за того что одни символы на другие поменялись во время обработки движком сайта.

Соответственно скрипт проверки дает ложную тревогу, если пользователь унес код счетчика в отдельный файл или что-то в нем поменял специально.

может стоит сделать галочку в настройках кода счётчика

"находится во внешнем файле" и не проверять? :)

может, но просто слишком много галочек и настроек тоже не очень хорошо

как правило те кто пользуется счктчиками имено пользуется, а не просто ставит это хоть в какой-то мере специалисты и разобраться в настройках смогут

может сделать 2 интерфейса простой и расширенный? :)