Если вы используете moodle 2.3 и выше,то в корневой директории папка theme - папка layout - файл general.php - открываем его и вставляем в футер (на моем шаблоне это примерно 166 строка) необходимый код..
Или еще вариант,приобрести Artisteer 4.0 Это программа для рисования шаблонов сайтов.Там сразу можно вставить html код в нижний колонтитул.
Версии ниже 4.0 с moodle не работают. Так что в этом случае проще и дешевле взять и дополнить файл из указанной директории.