С некоторого времени, мы выделяем внутренние переходы из "переходов по ссылкам на сайтах".

Вот, что написано в помощи:

Внутренние переходы регистрируются если активность пользователя на сайте прерывается более чем на полчаса,  но пользователь не закрывает окно браузера, после возобновления  активности создается новый "визит" пользователя, для которого в качестве  источника будет указан этот тип.

Раньше такие переходы попадали в переходы по ссылкам, с адресом, совпадающем с адресом вашего сайта. В связи с этим возникало много вопросов у пользователей, и мы решили выделить их отдельно.