В настройках счетчика, на первой вкладке, есть настройка, "тайм-аут визита", поставьте его в максимальное значение. При этом общее кол-во визитов уменьшится и приблизится к числу посетителей сайта, но кол-во визитов с источником "внутренние переходы" должно существенно уменьшиться.

И может добавьте к домену алиас вида www.site.ru, в настройках счётчика.