Добрый день. 

Встала задача разместить на одном сайте два кода, которые бы передавали одни и те же данные в два счетчика Яндекс.Метрики. 

Пробуем метод, который представлен в официальной помощи — https://yandex.ru/support/metrika/code/install-several-counters.html

<!-- Yandex.Metrika counter -->
<script type="text/javascript">
    (function (d, w, c) {
        (w[c] = w[c] || []).push(function() {
            try {
                w.yaCounterXXXXXX = new Ya.Metrika({id: XXXXXX});
                w.yaCounterYYYYYY = new Ya.Metrika({id: YYYYYY, webvisor: true});
            } catch(e) { }
        });

      ...
        
    })(document, window, "yandex_metrika_callbacks");
</script>
<noscript>
  <div>
    <img src="//mc.yandex.ru/watch/XXXXXX?ut=noindex" style="..." alt="" />
    <img src="//mc.yandex.ru/watch/YYYYYY?ut=noindex" style="..." alt="" />
  </div>
</noscript>
<!-- /Yandex.Metrika counter -->

И данные вообще не поступают ни в один счетчик. 

Что может быть неправильно и работает ли сейчас эта конструкция?

Из особенностей сайта могу назвать только то, что метрика вставляется в содержимое iframe которое нам и нужно отслеживать. Но если вставить туда обычный одинарный счетчик, то никаких проблем нет — данные в него поступают.