Добрый день коллеги. 

Есть основной домен site.ru и поддомен sub.site.ru весь трафик с рекламы приходит на site.ru после чего часть трафика переходит на sub.site.ru где совершает целевое действие. 

Сейчас установили на каждый разный счётчик Метрики и в аналитике по каналам  sub.site.ru весь трафик Переходы по ссылкам с site.ru. То есть первый источник теряется. 

Как сделать так, чтобы источник не терялся? Если установим один счётчик Метрики на оба сайта проблема решится?

РЕШЕНИЕ

Если требуется собирать отдельную статистику по источникам для каждого домена/поддомена, то наиболее подходящим вариантом является установка на каждый домен/поддомен отдельного счетчика. 

При этом остается возможность получить общую статистику по этим счетчикам: https://yandex.ru/support/metrika/reports/report-tag.xml

В случае, если отдельная статистика по источникам не требуется, вы можете установить один счетчик на все домены/поддомены. Название одного из доменов необходимо указать в поле «Адрес сайта», а названия остальных доменов/поддоменов необходимо указать в поле «Дополнительные адреса» в настройках счетчика ( https://yandex.ru/support/metrika/general/counter-general.xml).

При этом вы всегда сможете просматривать статистику по каждому домену в отдельности при помощи сегментации «Просмотр — Просмотр URL».