Может быть человек успел дважды кликнуть на крестик (удаление товара из корзины) ? Если сайт отслеживает только клики +1 -1 шт без синхронизации с текущим количеством, такое вполне может быть.
Подобная информация может быть показана в отчете если событий "Удаление товара из корзины" (https://yandex.ru/support/metrika/data/e-commerce.xml#ex-product-remove) состоялось больше, чем событий "Добавление товара в корзину". Это возможно, если в коде Вашего сайта не везде настроено событие "Добавление товара в корзину", проверьте, пожалуйста.
Также подобная ситуация может иметь место, если просматривать статиситку за 1 день. Например, посетитель зашел на сайт в субботу, положил товары в корзину, но заказ не оформил. В воскресенье этот же посетитель продолжил оформление заказа, но уже решил отказаться от некоторых товаров и удалил их из корзины. При просмотре статистики за воскресенье для удаленных из корзины товаров будет показываться "-1" в статистике.