В файлах php устанавливать код счетчика следует внутри тегов <html></html>. Рекомендуем обратиться к вебмастеру Вашего сайта за помощью.
Если используется CMS, то Вы можете установить дополнение Метрики для Вашей CMS по адресу: https://tech.yandex.ru/metrika/#plugins. С его помощью можно легко установить счётчик на каждую страницу сайта.