Если требуется собирать отдельную статистику по источникам для каждого домена/поддомена, то наиболее подходящим вариантом является установка на каждый домен/поддомен отдельного счетчика. 
При этом остается возможность получить общую статистику по этим счетчикам:  https://yandex.ru/support/metrika/reports/report-tag.xml .
 
В случае, если отдельная статистика по источникам не требуется, Вы можете установить один счетчик на все домены/поддомены. Название одного из доменов необходимо указать в поле "Адрес сайта", названия остальных доменов  необходимо указать в качестве дополнительных адресов в настройках счетчика (https://yandex.ru/support/metrika/general/counter-general.xml). 
При этом Вы всегда сможете просматривать статистику по каждому домену в отдельности при помощи сегментации "Просмотр - Просмотр URL".