Такая ситуация может возникнуть, если на странице входа на сайт в ходе первого в истории визита посетителя на сайт не был установлен (или был некорректно установлен) код счетчика Метрики. Если такой посетитель перейдет на страницу, где код счетчика корректно установлен, то визиту будет присвоен источник "Внутренний переход".