Здравствуйте!
Последовательно прокомментируем ситуацию.
1. Источник "Яндекс: Не определено" присваивается тем визитам из Яндекс.Директа, для которых Метрике не удалось определить информацию о номере кампании и объявления (определилась только принадлежность визита к рекламной системе «Яндекс.Директ»).
В незначительном количестве случаев система может действительно не получить детальную информацию о визитах из Яндекс.Директа.
Однако, чаще всего детализированная информация отсутствует для визитов из Яндекс.Директа, которые были отфильтрованы системой защиты Директа (https://yandex.ru/support/direct/troubleshooting/stat_competitors.xml).
В результате, большинство попыток скликать объявление обезвреживаются автоматически, в статистике Я.Директа такие клики не учитываются, и Вы не платите за них.
Метрика со своей стороны учитывает любые посещения сайта. В отчетах "Источники - Рекламные системы", «Источники – Сводка», Вебвизор можно проанализировать статистику по кликам, которые были не учтены Директом. В указанных отчетах отображается общее количество переходов из Яндекс.Директа, включая клики, отфильтрованные системой. В отчете "Источники - Директ - Сводка" Вы можете увидеть количество переходов из Яндекс.Директа, которые были учтены системой.


2. Для того чтобы Метрика корректно фиксировала переходы из рекламных систем, в ссылки Ваших объявлений необходимо добавить специальные метки. Подробная информация на странице нашей Помощи: https://yandex.ru/support/metrika/reports/ad-systems.xml .
Пожалуйста, убедитесь, что все ссылки в объявлениях размечены указанными метками, и метки не отбрасываются сайтом.

А как быть с тем, что эти склики негативно влияют на поведенческие факторы сайта? Можно их как то в метрике тоже не учитывать. Раз уж понятно, что это недобросовестные действия конкурентов?