Да, основная разница именно в этом.

Криминала в разметке торговых точек внутри торгового центра нет.

Единственно, что нужно не забывать о здравом смысле.

Например, неосмысленно размечать мелкие ларечки в крытом рынке, который назвали "торгвым комплексом".

Также не очень верно размечать точками все магазины в 5-этажном торговом центре, получится неимоверная каша.

Супермаркет - это магазин, находящийся под начальством одной компании, может располагаться в ТЦ, ТЦ - это здание, где размещается много магазинов, каждый из которых имеет отдельного владельца, который в свою очередь платит арендную плату руководству ТЦ. Как мне кажется надо отмечать только ТЦ, либо только супермаркет, при условии, что тот, стоит отдельно, а все магазинчики и бутики отмечать не надо вообще, либо поместить их в описание ТЦ.