вот тут http://n.maps.yandex.ru/?oid=6586674 например, банкомата нет, так что "есть банк = есть банкомат" не всегда верно

В моем городе бывает, что банкомат стоит рядом со входом в банк, а иногда и за углом того же здания. Соответственно работает круглосуточно.Вот, например, я отметил один такой вариант: http://n.maps.yandex.ru/-/CFHHz-mn

Некоторые же банкоматы находятся в помещении банка и ночью недоступны

Считаю что верно, не всегда в банке есть банкоматы :)

Вот например http://n.maps.yandex.ru/?oid=8188145 в этом отделении нет банкомата и с карточкой они не работают :-)

Я отмечаю банки и банкоматы поотдельности, но скорее потому, что так повелось. На самом деле, мне это не нравится. 

Я считаю, что самым разумным вариантом будет отмечать банкоматы внутри отделений меткой "банкомат":

- нет нагромождения лишних точек, тем более что обычно приходится располагать их рядом

- выделив банк, можно легко убедиться есть ли в нём банкомат

- поиск банкомата (например, "Сбербанк банкомат") должен по идее вернуть нам отделение банка, где есть такая метка

Минус только один - нельзя глядя на карту понять, есть ли в отделении банкомат. Но и это не так страшно: можно посмотреть в свойствах объекта, а если нельзя, то в крайнем случае в отделении банка можно снять деньги и без банкомата.

Может в крупных городах и принято, что при банке обязательно есть банкомат 24часа, но у нас в поселке, два отделения сбербанка, и только один банкомат.

Например, колеся по России, мне важнее, где есть банкоматы, а не банки, так что считаю, что "банкоматы отдельно, банки отдельно".