Обозначения с буквой "Е" - это сеть европейских маршрутов, и исходно буква там латинская.
Но не думаю, что рально и осмысленно в данном случае сколь либо четко регламентировать запрет на кириллическую Е при всём понимании того, что здесь, вероятно, имеются в виду интересны поиска (поиск в Народной карте воспринимает буквы как разные).
Поисковых запросов в полтора-два раза больше с кириллической Е (а запросов вида "трасса Е..." в кириллическом варианте больше на порядок), так что увы, это, не аргумент.
Как раз с учетом того, что как запросы, так и рисование осуществляются в обоих вариантах, не вижу в настоящий момент смысла жестко регламентировать написание. Практический эффект будет невысок (процент поисковых запросов с успешным ответом не возрастет кардинально), а проверять придется все кусочки трассы.
Дело даже не в столконвениях. Нормы правил должны быть оправданы, а здесь оправданность более чем сомнительная, плюс затруднено приведение объектов к стандарту. Так что решение вполне объяснимое.