Для того, чтобы ответить, прав ли модератор, надо уточнить конкретную ситуацию на местности. Если гипермаркет занимает всё здание (или практически все), то правы вы - надо разметить его соответствующей категорией, а точечный объект удалить.

Если же помимо гипермаркета в здании есть организиции, не имеющие отношения к гипермаркету, то прав Евгений - само здание размечается категорией "общественное здание", а объекты в нем - точками.

Гипермаркет расположен на всей территории здания, как и в этих случаях: http://n.maps.yandex.ru/?oid=85214 , http://n.maps.yandex.ru/?oid=122719 .  Все организации и торговые точки расположены на территории гипермаркета.

Вопрос лишь в том как именно размечать гипермаркет: супермаркетом не назовёшь, но назовёшь ли торговым центром?