Да, такие разнесенные остановки нужно размечать разными объектами. Часто расстояние между точками остановки составляет десятки метров, если точек больше двух, то расстояние может превышать 50 метров. 

Есть ситуации, когда на остановке рядом расположено больше одного павильона, на них разные таблички с номерами маршрутов и расписанием, но сам транспорт физически останавливается в одном месте. В этом случае точка будет одна.

Резюмируя: критерием для разделения объектов-остановок является разделение на местности точек, где транспорт останавливается (а не разные павильоны, таблички и т.п.)

А как быть с такими объектами? http://n.maps.yandex.ru/?oid=29925304 Вроде и не автостанция, просто касса с пригородными автобусами