В зависимости от физической сущности объекта.

Святой источник может представлять из себя непосредственно родник (в той или иной степени оборудованный) - в этом случае оптимальная категория - родник.

Есть ситуации, когда над источником поставлена часовня (или иное здание) - тогда нужно рисовать здание соответствующей категории. Метка, указывающая наличие источника - вполне уместна.

Далеко не каждый источник грунтовых вод открытого водоснабжения является святым. 

Чтобы получить этот высокий статус требуется некоторые условия:

1) Подтверждённые исцеления, история, предания, факты, свидетельства.

2) Освящение источника официально Русской Православной Церковью Московского Патриархата. Местная самодеятельность, шаманство и язычество в этом вопросе не допускаются.

3) Обустройство верхнего строения часовней (!) и, как-правило, кроме часовни устройство купелей.

Часовня бывает поименованной в честь святого или праздника (события). Небольшие часовни и часовенные столбы могут быть освящены, но не иметь конкретного посвящения.   

4) Святой источник должен иметь нормальный дебет для массового потребления, иначе он быстро превращается в грязный колодец для вычерпывания воды в антисанитарных условиях.

Таким образом, Святые источники на карте состоят, или должны состоять, из целой группы меток

А) Первоначально объект имеет обязательную метку "родник".

Б) Рядом с физическим истоком воды ставим крестик категории "церковь собор" на православной часовне.

В) Метка категории культовых сооружений ставится на купель, если она обустроена отдельно от часовни.

Крестик в категории "церковь, собор" окончательно прилепился к часовням после разъяснений на теме http://clubs.ya.ru/narod-karta/replies.xml?item_no=36677 , т.е. на карте все православные часовни помечаются именно этой категорией.

Некоторые практические замечания:

Если на источнике нет даже креста, то это не святой источник, просто вода для питья. Тот факт, что к роднику приезжали монахи или священник, устраивали молебен, читали акафист и тому подобное, никакой роли не играет. Вы можете заказать требу и вам освятят автобус, самосвал, катер или дачу. Святыми они от этого не становятся, но как символ благочестия это душеполезно.

Примеры:

 http://n.maps.yandex.ru/?oid=24007490 (Березники, Собинский, Владимирская обл., так называемый "источник Георгия Победоносца")

http://n.maps.yandex.ru/?oid=24009496 (Волосово, Собинский, Владимирская обл., так называемый "источник Николая Чудотворца")

Не следует путать элементы благоустройства и каптаж источника волонтёрами с православными сооружениями.  Беседки, скамейки, лестницы, паркинги и даже развешанные местными жителями на деревьях иконы ещё не признак святого источника.

Пример: http://n.maps.yandex.ru/?oid=25724469 Кижаны, Камешковский, Владимирская обл.