Городов федерального значения в России всего три и прописывать стандарт кажется излишним, лучше рассмотреть каждый отдельно.

Севастополь - территория субъекта федерации размечена "районом областным", что корректно. Если смотреть на муниципальное деление территории субъекта, то это 4 района, из которых два полностью и один частично составляют собственно территорию Севастополя: Гагаринский и Ленинский районы, а также Нахимовский муниципальный округ Нахимовского района. Эту территорию есть смысл отметить категорией "город", сейчас в целом так и сделано, но небольшие отклонения есть. 

Санкт-Петербург - схема похожая - есть районы, в которые входят населенные пункты (размеченные соответствующими категориями), есть районы, которые являются частью собственно Санкт-Петербурга (и состоят из муниципальных округов). Текущая граница объекта категории "город" в значительной степени соответствует этому разделению, обсуждалась активными пользователями в региональном клубе. При желании можно уточнить и обсудить детали на региональном форуме

Москва - два из 12 административных округов (Новая Москва) состоят из поселений (в состав которых входят населенные пункты, размеченным соответствующими категориями). При этом объект категории "город" в случае Москвы включает всю территорию субъекта федерации. В этом отличие Москвы от Петербурга и Севастополя в настоящий момент. 

С учетом того, что вопрос "штучный" и что решения принималось пользовательским сообществом в соответствующих городах, принимать решение о едином стандарте, которое приведет к редактированию либо одного объекта - Москвы, либо же двух - Петербурга и Севастополя - не кажется осмысленным.