Есть и обратный эффект. Ищёшь город, а находишь его районы. Ищешь область, а находишь областный районы. Это замусоривает выдачу. Если ищите конкретный район, попробуйте указать заодно и область или город. Тогда и метки не понадобятся.

Результат поиска:
1) меток у объекта "село Засечное" нет: результат поиска;

2) объект "посёлок Золотарёвка" с метками "Пензенская область, Пензенский район": результат поиска.
Вывод: нужно сделать нормальный механизм поиска.

Да, поиск нужно исправлять на НЯК для удобства тех, кто рисует карту. Собственно, у поиска есть всё в наличии, чтобы правильно найти и без меток, да вот только не ищет.
Но главное что на самих Яндекс.Картах поиск работает правильно и учитывает вложенность административных единиц. А отображение и поиск на Яндекс.Картах и есть посути наша конечная цель. Поэтому в метках я смысла не вижу. 

Ну, переключаться из НЯК в ЯК, а потом обратно, что бы найти объект, тоже нехорошо. Дело не в том, что это сложно или долго, а в том, что это глупо.
ЯК -- конечная цель? Да там половины информации из НЯК нету (описания, атрибуты организций и т. д.)

А что тогда по вашему конечная цель? Интерфейс НЯК - это средство создания карты, а не получния информации. Если кто-то и обращается за информации непосредственно к НЯК, то лишь те кто сами её редактируют. Поиск на НЯК - это инструмент для редакторов карты. 

Вот это кстати ооочень важный момент. Осознание этого факта является лекарством от многих "бед", с которыми сами себя сталкивают пользователи Народной карты, на самом деле))) 

Тут вы все же правы. Хоть и на НЯК жутко и не удобно, но иначе на ЯК из-за нас поиск выдаёт вместе 5 результатов 50... это пока 50.