Были случай с круговым движением вроде круг все норм но сохраняя 1 из точек меняет позицию и очень сильно просто в сторону. Или когда закругляешь любой объект дорогу, лес появляются 2 точки которые крест накрест ставятся. Бывает с периодичностью не часто но раздражают такие баги ищешь где перекрестились эти точки чтоб убрать их. Или заметил пару дней назад точка на точку накладывается.И начинаешь искать где точка на точке стоит. Прилично время отнимает на поиск этих багов или приходится перерисовывать. 

Это из-за замыкающей точки. Она как злой фантом - невидима, но гадит не по-детски. Единственное спасение - передвинуть точку куда-нибудь подальше, сохранить, потом опять открыть редактирование, поставить точку куда нужно, сохранить. Это неудобно.
Кроме того, подобная штука происходит и с дорогами. Если передвинуть дорогу в режиме редактирования перекрёстка, то если дорога пересечёт фантомную точку, там тоже образуется точка пересечения.

А если перед сохранением снэппинг отключён, будет такой же эффект?

с любыми замкнутыми (состоящими из одного объекта) контурами растительности, гидрографии, рельефа или административного деления.