Такие деревни действительно обозначаются кварталами-поселками. Если название не совпадает, можно занести в историческое. А если такое название уже носит другой микрорайон, тогда ничего не поделаешь, такое же название нельзя писать.
Вообще Я.Карты должны отражать текущую ситуацию местности. Дополнительная историческая информация указывается только, если это пойдет не во вред основному предназначению.

1) исчезнувшие деревни можно нанести как урочища, но если никаких следов на местности (на космоснимке) не сохранилось, то наносить не стоит;

2) деревни, вошедшие в состав других населенных пунктов можно нанести как кварталы, но опять же в том случае если структура застройки не изменилась радикальным образом (например деревню полностью снесли и построили микрорайон)

3) перемещать центр деревни поближе к историческому центру можно и нужно, но снова же без фанатизма и при условии что у деревни не появился новый ярко выраженный центр (например площадь у сельсовета с магазином, клубом и памятником Ленина)


В случае с деревней на картинке я бы перенес центр деревни Емельяново к перекрестку, а деревню Харчи нарисовал бы кварталом, как вот здесь.



Может быть для вашего проекта стоит сделать свою карту вот здесь https://tech.yandex.ru/maps/tools/constructor/ , нанести все 1136 неселенных мест и ссылаться на неё?

askirka, вот тут и в самом деле ничего не осталось, но это же не значит, что на этом месте когда-то не было населенного пункта?
По поводу застройки... Здесь была деревня Крестовка, и еще не очень давно
Да, деревню снесли полностью, построили элеватор и хлебокомбинат, но историческое место сохранилось, и у нас в городе многие, да пожалуй ни один, не скажет где же была на самом деле эта Крестовка.
Еще более плачевная история с деревней Ременново, на месте которой в 1968 году был выстроен цех точного литья будущего завода "Автоагрегат". Даже местные кинешемские краеведы не знают где она находилась, хотя деревня эта до сих пор находится в списке памятных мест и "охраняется государством". На мой вопрос к председателю общества кинешемских краеведов: "А где же находилась она?", ответ последовал именно таким, каким его преподносят все современные справочники о Кинешме: "Где-то в районе "Электроконтакта". Понимаете в чем суть? Т.е. то, что между двумя заводами река с оврагом никого не смущает! Указывается ОЧЕНЬ приблизительное место.

Возможно, для моего проекта и подошла бы карта, выполненная специально для него, а как же в этом случае восстановить историческую справедливость? Ведь большинству она видна не будет!