Уже не первая история. Таким зданиям,паркингам и др. помещениям надо давать минусовой уровень. 

Сейчас помечтаю. Вообще, было бы здорово, если бы у всех объектов был атрибут уровня слоя, который использовался бы при рендеринге карты, что бы у дорожного объекта было чётко видно на каком уровне в пересечении он. Тут как-то пример был интересный с каналом проходящем по виадуку поверх дороги, интересно как там в релизной карте отображается.