1. Требование соблюдения иерархичности речных систем не позволяет изобразить реку, пересыхающую в нижнем или среднем течении, например, Амударью. Какое решение Вы предлагаете?

2. Не вся река, а только её часть может иметь название-синоним, например, Малая Северная Двина. Как следует поступить в такой ситуации:
- добавить синоним к названию всей реки (минус: не точно);
- создать два родительских объекта - реки: Северная Двина (синоним Малая Северная Двина) и просто Северная Двина без общих участков (минус: короткие реки могут не отображаться на некоторых масштабах несмотря на высокий класс, см. багрепорты);
- создать два родительских объекта, как и в предыдущем случае, но с общими участками: Северная Двина без синонима включает все участки реки, Малая Северная Двина - только часть из них; альтернативное название может быть задано для второй реки как официальное название (тогда не будет дублирования официальных названий) либо как синоним (что соответствует документам) - над выбором стоить подумать;
- не указывать название-синоним (большой минус)?
P.S. Для улиц аналогичная проблема, по-видимому, неразрешима, поскольку создавать несколько родительских объектов - улиц представляется недопустимым. Остаётся только первый или последний вариант.