2 Вариант как по мне.

Да, по сути можно только перенести  остановки на правильные позиции. Подводный камень с названиями я уже описал выше.


По срокам, к сожалению, ничего сказать не могу.

понятно. А есть смысл добавлять отсутствующие остановки?

забыл спросить. А маршруты есть смысл трогать? Привязку к остановкам? Добавление отсутствующих на всю карту? Удаление с карты недействующих?

>Почему? Да потому что даже в пределах одного перевозчика одна и та же остановка для одного маршрута может называться "Школа №107", для другого "107-я школа", для третьего "Школа 107", для четвёртого "Школа", а для пятого и вовсе "Улица Губкина"
Вот здесь я вас понимаю. Я с тем же самым сталкивался. 
Конкретно в Волгограде была такая традиция у некоторых остановок иметь разные названия для автобусов и троллейбусов. Видимо, связано было с тем, что троллейбусы были ВТТУ, которое подчинялось Горисполкому. А автобусы были разных ПАТП которые входили в состав Волгоградавтотранса, что подчинялся Облисполкому. Всё бы ничего, но проблема в том, что с приходом Питеравто (Волгоградский автобусный парк) в 2016-2017 гг. они часть названий взяли от троллейбусов, часть автобусных. Местами своё придумали. В итоге теперь полный бардак с названиями который доводит до скандалов в салоне при попытке выяснить где останавливается автобус.
Тут ещё вспоминается пример с улицей Кагальникской в Красноармейском районе. Так каждый перевозчик придумывал свой вариант: Улица Когольницкого, Улица Кагальницкая, Улица Качальницкого. Правильно только у маршруток. Потому что у них это "посёлок Мачтозавод". 


Так же непонятно как быть с устаревшими названиями. Так, например, само заведение называется ВолГАУ - Волгоградский Аграрный государственный университет. Остановка по некоторым информаторам называется "Аграрный университет". Но может встречаться вариант "Сельскохозяйственная академия". Однако на маршрутках до сих пор пишут СХИ. И на проходящих и на заканчивающихся здесь. В народе тоже местность называют СХИ. http://fotobus.msk.ru/photo/1854903/
Можно также заметить, что там написано Нефтяной колледж. Это историческое народное название остановки "Колледж нефти и газа". Раньше сам остановка так и называлась. Однако сейчас само заведение называется "Газпром колледж". Что я обнаружил, когда пытался понять - какой же порядок слов правильный.
Также там написано "Лента-Ашан". Касательно "Ленты". Остановка одна, но у троллейбуса она называлась "Университет". У автобусов до прихода Питеравто "ВолГУ", у маршруток писали "ТЦ Лента". Чтобы не путать с маршрутками идущими до непосредственно корпуса ВолГУ, что на горе. А теперь надо смотреть, что там Питеравто придумали.
Можно было конечно послать Питеравто, что мол они не местные. Но у них в отличии от местных автобусов ПАТП-7 информатор работает  практически всегда. И люди постепенно привыкают к этим названиям.
И по городу я могу вспомнить ещё множество примером, где происходит чёрт-что с названиями.


Здесь в этой теме отличился и город Волжский. Где составили официальный реестр остановок для каждого маршрута(!) включая маршрутки. Однако часть остановок официально переименовали, а народ так и не знает эти новые названия. На самих остановках их вроде тоже нет. Однако при записи новых информаторов говорят таки используют. Но в итоге когда была новость, что остановка "7-й микрорайон" переносится. То сразу сложилось впечатление, что в администрации эти новые названия сами не знают. Потому как согласно их реестрам это вообще-то "Улица Академика Королёва". Хотя до "переименования" действительно был "7-й микрорайон".