а если мы добавим ещё 2-3 группы/кнопки?
На самом деле мы планируем отдельную "быструю" точку входа непосредственно на карту. Текущая реализация - временная.

"свечение" не зависит от того, нажата кнопка или нет, а зависит только от того, включены все слои, или что-то выключено. Собственно, было немало фидбека про то, что не видна разница между состоянием "все включено" и состоянием "что-то выключено". Второй режим удобен для рисовании в ряде случаев, но может привести к ошибкам, когда выключенный слой не виден, но на факт выключенности слоя пользователь не обращает внимания.

про сообщения о неточностях так сказать и правда можно - изменения последовательные. 
Мы не будем спорить про важность той или иной фичи, список приоритетов для многих будет сильно отличаться, да и сама дискуссия пойдет по привычному кругу, так в Клубе будет в основном озвучено мнение опытных пользователей и их "хотелки", тот факт, что некоторые из них не делаются очень долго, не означает, что мы не хотим их делать вообще (в таком случае как раз об этом чаше всего пишется прямо).
Помимо того факта, что "важные вещи" для конкретного народно картографа не всегда являются "важными вещами" для всего сообщества народных картографов в совокупности, хотелось бы обратить внимание, на один технический момент.
Когда речь идет про обновления (как мелкие, так и крупные), то нет ситуации, что условный разработчик (или условный пул разработчиков), который делает обновления по общему списку хотелок. Далеко не всегда условное обновление интерфейса работы с сообщениями о неточностях означает, что оно сделано вместо условного разрезания сложных контуров. Даже на хотелки, реализация которых не зависит от планов конечных сервисов Яндекса, а касаются только интерфейса и возможностей Народной карты, влияет больше факторов, чем важность фичи и сложность её реализации.

можете написать, как на ваш взгляд будет лучше подсвечивать (или не подсвечивать) разные случаи?
Ситуации возможны три: включена вся группа, включены некоторые типы в этой группе сообщений об ошибках и выключена вся группа.

Ни в коем случае. Так её хоть как-то погасить можно. Выключил один или несколько слоёв - и всё нормально, ничего не мешает. А если реализовать вашу мысль, эта кнопка будет светить мне постоянно. Это, конечно, звучит эгоистично с моей стороны. Но я уверен, что довольно большое количество народа использует не полный комплект слоёв во включенном состоянии

а какой у вас более частый формат использования? Со всеми включенными слоями или наоборот, с частично выключенными?