Предлагаю создать новый слой как дополнение к слою «места». Этот слой завершит слияние справочника и НЯК. Будет работать по принципу неточностей: алгоритм будет предлагать подтвердить наличие/отсутствие организации в здании. Само отображение можно будет разделить на: «Показывать только отмеченные организации», «Показывать только организации из справочника» и «Показывать вместе».

«Показывать только отмеченные организации»  будет выглядеть как обычно:  

«Показывать вместе» будет выглядеть вот так:

Возможна специфичная раскраска как значков, так и надписей (например желтая внешняя обводка для подписей)

Зачем это нужно?

— Это нужно для того, чтобы двумя кликами отмечать недостающие организации у зданий, корректировать категории и прочие атрибуты. А еще нужно для того, чтобы удалять организации из справочника.

Чтобы удалить организацию из справочника сейчас, которая никогда не отмечалась на НЯК, нужно заходить на Яндекс карту. Я же предлагаю ускорить этот процесс — удалять непосредственно из НЯК.

Это нововведение позволит актуализировать информацию по всем организациям на карте. Это важно, потому что значки не так важны, если мне нужна определенная категория организаций. Я вбиваю в поиск и мне выдает все — то, что работает, и то, что давно пора удалить, но этого никто не делает. Приоритетней поддерживать актуальную информацию в справочнике, чем отмечать организации на карте.