вот и я сколько на карте этот дрочь не пойму никак. точнее играя в эти пятнашки со сложными объектами потом не угадаешь что у тебя под полигонами, да ещё яндекс начинает истерить, мол где-то пересечения (угадай где?!).
поэтому тоже  , когда был админом на старой карте, просто удалял лишние. если нет админки -- редактировал 1 полигон как надо, а лишний использовал на объекты рядом, чтобы куда сработать

Изначально: Один можно было отнести за пределы редактирования, придав ему любую форму или применив в по близости, а потом отредактировать второй.
Теперь, когда 2 контура точно совпадают: Выбрать один, кнопа Перерисовать, и нарисовать в другом месте или удалить. Если нет прав на удаление, по крайней мере запросить удаление неприемлемого отнесённого объекта.


По поводу примера в правилах и предлагаемой ими методов, отчасти это связано со сквозным редактированием, когда Ваня и Петя возьмутся за один и тот же объект, будут работать над ним 20 минут ииии.... Только Володя его сможет сохранить, так как сделал это раньше! :) У осталтных будет ошибка! 

Вот Максим постарался описать такие моменты на своём канале Диванная картография, а конкретно по объединению - в теме Растительности (с картинками).