До недавних пор Яндекс.Транспорт жил жизнью, отдельной от Народной Яндекс.Карты. Поэтому на НЯК остановок может не быть, а на ЯК - быть И, наоборот, нарисованные в настоящее время на НЯК остановки публикуются при опубликовании сети общественного транспорта определенных городов. Ссылка на список приведёна выше.