ответ в том, что дорожный граф плоский и рисуется он тоже в одной плоскости, отсюда и пересечения. Сделать его не плоским технически сложно, но при этом его одноуровневость компенсируется соответссвующими атрибутами, которые делают многоуровневым дорожный граф на Яндекс.Картах и маршрутизацию по нему.

про то, что пересечения усложняют процесс редактирования, знаем. Но сейчас это сделано так. 

Правил недавно трёхуровневую развязку, где один из уровней к тому же заблокирован. Жить, в общем, можно.
К некоторым моментам стоит относиться как к данности - такая техническая реализация, что ж теперь. Другое дело, что некоторые моменты можно было бы обойти путём введения доп. инструментов, про которые я уже писал. в частности, инструмент спрямления (выстраивание в ровную линию всего, что располагается между двумя крайними точками). Так можно было бы спрямлять дороги в местах пересечений, которые много где сейчас не аккуратны.
В следствии отсутствия этого инструмента недавно применять стал кустарный способ - рисую забор от точки до точки и по нему выравниваю дорогу. Потом забор удаляю. Топорно, но работает :)

про железные дороги в Таллине знаем, со временем приведем в порядок. В ы в рамках совреда (и не только) также можете принять участие в исправлении.

Или вместо забора - линейку.

Вы же раньше как-то делали, чтобы пешие дорожки не делали пересечений с дорогами. Здесь, наверно, тоже можно подобный алгоритм использовать. Только пошаманить с уровнями дорог.

пока такого алгоритма нет. Ег переделка и изменение повлечет за собой большой процесс смены логики маршрутизации и прочего. Мы пока не готовы на такой шаг, в дальнейшем тоже обещать не будем, но в голове пожелания по этому поводу,  которые поступали уже от других пользователей, держим.