Добрый день.

Согласно ПДД:

6.13. При запрещающем сигнале светофора (кроме реверсивного) или регулировщика водители должны остановиться перед стоп-линией (знаком 6.16), а при ее отсутствии:
на перекрестке – перед пересекаемой проезжей частью (с учетом пункта 13.7 Правил), не создавая помех пешеходам;
перед железнодорожным переездом – в соответствии с пунктом 15.4 Правил;
в других местах – перед светофором или регулировщиком, не создавая помех транспортным средствам и пешеходам, движение которых разрешено.

13.7. Водитель, въехавший на перекресток при разрешающем сигнале светофора, должен выехать в намеченном направлении независимо от сигналов светофора на выходе с перекрестка. Однако, если на перекрестке перед светофорами, расположенными на пути следования водителя, имеются стоп-линии (знаки 6.16), водитель обязан руководствоваться сигналами каждого светофора.

ГОСТ Р 52289-2004. Технические средства организации дорожного движения. Правила применения дорожных знаков, разметки, светофоров, дорожных ограждений и направляющих устройств.
Раздел 7 - Правила применения дорожных светофоров:
7.3.10 Транспортные светофоры (кроме Т.1.г) устанавливают сбоку от проезжей части перед перекрестком или над проезжей частью (кроме Т.3, Т.6, Т.10). Светофор Т.1.г устанавливают только над проезжей частью.
Справа от проезжей части данного направления устанавливают светофоры Т.1, Т.1.п, Т.1.пл, Т.2 со стрелками «прямо», «направо», «прямо и направо», Т.3, Т.3.п, Т.6, Т.7, Т.8, Т.9 и Т.10. Светофоры Т.1.л, Т.2 со стрелками «налево» или «прямо и налево» и Т.3.л устанавливают слева на разделительной полосе, направляющем островке или островке безопасности, при одностороннем движении - слева от дороги.
7.3.11 Светофоры Т.1 любых исполнений и Т.2, установленные сбоку от проезжей части, дублируют. Дублирующий светофор устанавливают на перекрестке или непосредственно за ним с учетом наилучшей видимости сигнала светофора водителем.
При наличии разделительных полос, направляющих островков или островков безопасности дублирующие светофоры (кроме Т.1.п, Т.2 со стрелкой «направо») устанавливают на перекрестке, за ним между проезжими частями или слева от перекрестка. При этом установка дублирующего светофора слева за перекрестком допускается, если проезжая часть во встречном направлении имеет не более трех полос движения, а интенсивность движения по каждой полосе составляет не более 500 ед./ч.

Однако правила НЯК приводят неправильный пример с точки зрения ПДД и Гост
https://yandex.ru/support/nmaps/road_light.xml#8.4.2
8.4.1.2.1
2. Если на перекрёстке проезд с основной дороги на съезд/разворот регулируется светофором — рисуются два светофора.
Первый — на пересечении основных дорог, а второй — на съезде/развороте.
Второй рисуется не на пересечении съезда/разворота с основной дорогой, а на расстоянии до 10 м после ответвления съезда/разворота: либо в существующем пересечении с другой дорогой, либо во вновь созданном (если такого пересечения нет).
Например, на верхней паре рисунков светофор при движении по проспекту Испытателей в сторону Богатырского проспекта регулирует и движение прямо, и движение налево (разворот). Поэтому он рисуется двумя светофорами: на пересечении дорог (указан синей стрелкой) и на развороте (указан красной стрелкой); второй нарисован на расстоянии менее 10 м от точки ответвления.
На нижней паре рисунков (при движении по Ленинскому проспекту в сторону центра, перед перекрёстком с улицей Кравченко) — аналогично:

На данных примерах из правил - должен быть установлен значок в другом месте - перед стоп-линией (она есть в обоих случаях на картинках - в виде знака или разметки). Светофор слева - дублирующий. Он не является местом остановки транспортных средств. Останавливаться на пешеходном переходе - нельзя

ВОПРОС: Почему на НЯК требуют отмечать светофоры неправильно? 

Пример https://n.maps.yandex.ru/#!/?z=18&ll=46.015615%2C51.546545&l=nk%23sat

На данном участке сотрудник Яндекса исправил ранее отмеченные светофоры - нарисовав целых 10 штук!

При этом, если руководствоваться ПДД и Гост, то на карте должно быть отмечено 6-7 значков - выделил зеленым маркером (места остановки автомобилей на светофоре). Остальные - лишние и могут ввести водителей в заблуждение. Водитель может остановиться на проезжей части, перегородив движение другим транспортным средствам.