1) Пункт правил 9.1.11 гласит:

Объекты растительности не должны иметь пересечений с другими объектами растительности, но могут иметь с ними общие границы.

Примечание. 
В то же время внутри контуров объектов растительности типов «парк, сквер», «заповедник» и «кладбище» (выделяемых по способу их использования аналогично объектам типа Территория) могут выделяться объекты растительности типов «лесной массив», «газон».

Получается что внутри парков,заповедников,кладбищ можно рисовать лес, а внутри леса рисовать те же объекты нельзя. В последнем случае, необходимо разрезать лес на два объекта - один снаружи, а другой внутри парка,заповедника,кладбища.

Но как быть с теми объектами, которые по всей своей территории покрыты деревьями? Возьмем к примеру кладбище, расположенное на территории леса.

Следуя правилам, приходиться вырезать из большого леса территорию кладбища и создавать 2 новых объекта растительности с одинаковыми границами - кладбище и второй лес. Но при таком раскладе на ЯК территория кладбища перекрывается лесом, и остается один лишь значок кладбища. 

Ситуация не единичная, и дублирование леса по правилам также справедливо и для природных урочищ. На схеме НЯК ситуация выглядит не лучшим образом, вероятно тоже самое будет и на самих ЯК.

Для верного отображения кладбища, конечно, можно пойти на уступки и удалить лесной массив с территории кладбища, но это не совсем хорошо и является правкой на ухудшение.

2) Все модераторы, с кем я общался выступают единогласно за перенос кладбищ и заповедников из растительности в территории, и многие добавляют про отображение их прозрачным контуром, как на топокартах:

По сути, границы таких объектов являются административными, а не природными, а пересечение их с растительностью сильно усложняет процесс редактирования, и отнимает кучу лишнего времени. Заповедники практически во всех случаях будут иметь пересечения с лесом. Кладбища чуть реже, но тоже довольно часто имеют такие пересечения (особо на территории РБ).

Приведу в пример Березинский биосферный заповедник. Реальная его граница пересекается с лесными участками десятки, а то сотни раз. Само по себе занятие переноса границ довольно трудоемкое, а при текущей ситуации, можно сказать что и вовсе невыполнимое. 

В конечном счете, после переноса объектов из растительности, и редактировать стало бы проще и избавило бы редакторов от многих сложностей, и появился бы стимул к добавлению заповедников на карты, без лишних обрисовок кустиков.