Ссылки в студию..

2. в месте перекрытия ставится "запрещённые манёвры" в двух направлениях для соответствующих категорий (как-правило, для внутриквартальных перекрытий остаются доступными для пешеходов и велосипедов).

1. просто удаляешь "Точку пересечения дорог"

Просто удалить, скорее всего, не получится - нужно делать запрос на удаление модератору. Это долго. Если точек много и хочется быстро перерисовать, попробуйте выйти на связь с Вашим модератором и попросить его, если у него найдется время, оперативно подтверждать Ваши запросы на удаление (т.е. фактически удалять будет модератор)

Наверное, автор не осознал, что в местах присоединения другой дороги данная дорога будет разрезана и эти отрезки никак не склеить. Только логически объединить в одну улицу.

Не вижу здесь проблемы. Каждая улица всегда состоит из отрезков, их может быть и три, и шестнадцать; на улице могут быть и мосты, и отрезки другого покрытия, и магистральные участки, и вообще всё что угодно, и, да,ещё множество персечений. Вот яркий пример такой каши:
https://n.maps.yandex.ru/#!/objects/1557448105?z=15&ll=24.204625%2C56.916482&l=nk%23sat