Сверяться со снимком. А ещё лучше, если кто-то там живёт/работает/бывает. Чтобы по факту проверить возможность такого маршрута. Ну и потом дорисовывать/исправлять, чтобы маршрут имел место быть.
Или браковать, если ложная ошибка.

для пешеходных маршрутов:
- сверить наличие всех объектов, которые используются в маршруте пользователя (тротуары, пешеходные дорожки, пешеходные переходы),
- проверить безопасность такого маршрута: не нарушает ли предложенный пользователем маршрут ПДД, не пересекает ли железные дороги вне оборудованных пешеходных переходов,
- действительно ли предложенный маршрут короче предлагаемого Картами

Пользователи обычно рисуют более короткий маршрут и рисуют его там где на карте нет дорожек. Я обычно в таких случаях рисую пешие дорожки в том месте где указал пользователь.
После обновления ЯК маршрут будет строится по новым дорожкам.

Предложный маршрут может не быть более коротким или удобным, а быть просто более привычным жалобщику, но нарисовать соответствующие дорожки, не будет лишним.

Еще в самом начале мы писали, что для того, чтобы проверить что-то на местности, нужно оказаться на этой местности. Ичаще всего проверить ситуацию "в поле" может только народный картограф. 
​​​​​​​:-)

В таких случаях сначала выясняю причину, по которой яндекс построил маршрут, отличный от предлагаемого пользователем. Обычно причины такие:

1. Отсутствие на карте связи (дорожки), которая есть на местности в реале. Решение: проверить наличие связки (в порядке приоритета) в реале, на панорамах или на спутниковых снимках, и в случае наличия её дорисовать.

2. Пользователь предлагает нарушить ПДД. Тут разные случаи бывают. Обычно такие предложения не поддерживаю. Но бывает, что соблюдение ПДД приводит к абсурдным пешеходным маршрутам, которыми никто из местных в здравом уме  никогда не воспользуется; тогда, если правила НЯК не пострадают, склонен правку внести.

3. Яндекс строит короткий маршрут по неосвещённым улицам в парках, дворах и задворках или по ухабистым дорогам без твёрдого покрытия, а пользователь хочет пройтись/проехать с комфортом.

Решения: иногда везёт, и оказывается, что на ухабистой дороге в НЯК забыли снизить скоростной режим, и этого может оказаться достаточным для исправления автомобильного маршрута. Иногда неправильно указали класс дороги, и переведя её в внутриквартальную можно исправить маршрут. Но чаще ничего сделать текущими средствами НЯК нельзя, и тогда я правку не поддерживаю. Хотя, сотрудники яндекса, вероятно, могут менять веса рёбер дорожного графа, можно их просить.