И если вы еще и программным способом обрабатываете блок с этим классом то увас будет два экхемпляра логики то есть при клике на кнопки соцсетей у вас будут выскакивать два поп-апа.
Уточните, что если не указывать в разметке class ya-share2, и инициализировать через JS API, тот class ya-share2 будет добавлен в DOM.
Проблема: обновить title и url при наличии class ya-share2. Если инициализировать еще через Ya.share2 то получится две копии объекта и выскакивать по два попапа.