Лучше всего настроить поиск, в котором будет указан в качестве домена - основной, domen.com. И поставить поиск на вашу моильную версию сайта. Да, страницы в выдаче будут с основного сайта. Но можно же при заходе на основной сайт с мобильных устройств просто автоматически показывать мобильную версию сайта. Кажется, это будет логично.

Ну или как-то размерашть к индексации мобильный сайт, но тогда да, возможно появление дубликатов в большом поиске Яндекса. Поиск для сайта-то вы можете настроить как угодно, например, указать, что для поиска на основной версии сайта исключить поддомен m.domain.com из области поиска.