В сервисе Яндекс.Поиск для сайта используется тот же индекс, что и в большом поиске Яндекса + дополнительный индекс, который подключается только при поиске по сайту. И в этот индекс вы можете быстрее добавлять документы, используя инструмент "Индексирование". Подробнее про это можно прочитать тут: http://help.yandex.ru/site/optimizing.xml