В сервисе Яндекс.Поиск для сайта используется индекс большого поиска Яндекса + дополнительный индекс, который вы можете пополнять самостоятельно, используя инструмент "Индексирование" (http://help.yandex.ru/site/optimizing.xml). По поводу индексирования вашего сайта основным роботом Яндекса, вам следует обратиться в сервис Яндекс.Вебмастер, и, в случае возникновения вопросов, обратиться в слежбу поддержки сервиса Яндекс.Вебмастер.