Добрый день!

Ответ на ваш вопрос есть в этой теме: http://clubs.ya.ru/sitesearch/replies.xml?item_no=903

На всякий случай повторю его здесь:

Проблема, на которую указывает валидатор, никак не влияет на работоспособность поиска.  

Дело в том, что код для вставки на сайт состоит из нескольких кусков: html, css, js. При этом он подготовлен таким образом, чтобы вебмастеру было удобнее его вставлять (одной вставкой, а не разбивая его на части). Так, обычно разработчики вставляют этот код туда, где им нужно показать html кусок. В браузерах поиск работает, проблем никаких нет, зато вебмастерам так лучше.  

Тем не менее, при желании, вы можете вставить кусок   в headстраницы, что будет более правильно. Об этом и говорит валидатор.

…"/>.ya-page_js_yes .ya-site-form_inited_no…