Сейчас - да, как с обычного поиска Яндекса, но в будущем это будет исправлено: переходы будут считаться как переходы с самого сайта. Пока что вы можете составлять отчеты, фильтруя по наличию параметра searchid в урле запроса к сайту. То есть если есть в referer параметр searchid, то это был переход с поиска на сайте.