Добрый день!

Насколько я вижу, в условиях использования (https://legal.yandex.ru/site_termsofuse/) есть пункт:

2.3.2. пользователь вправе изменять внешний вид поисковой формы, включая, но не ограничиваясь этим, с изменением кода поисковой формы в той степени, в которой это необходимо для изменения внешнего вида поисковой формы, при условии, что указанные изменения не наносят ущерб деловой репутации Яндекса.

2.3.1. удалять логотипы Яндекса, содержащиеся в поисковой форме, при условии сохранения логотипа Яндекса на странице результатов поиска в неизменном виде;

То есть, пользователь вправе изменять оформление поиска на свое усмотрение, не убирая / изменяя при этом логотип Яндекса в результатах поиска и не нанося какого-либо ущерба деловой репутации.

Более того, мы рады, когда наш поиск хорошо вписан в дизайн сайта и даже провели специальный мастер-класс по тому, как это можно просто сделать при помощи CSS:  http://www.youtube.com/watch?v=KTA7JmLJ57c

Так что в рамках условий использования можно достаточно широко менять внешний вид. :-)