Такой возможности в рамках Поиска для сайта пока нет, так как это именно сервис с широкими настройками пользовательского поиска, а не API. Если вам нужно автоматизировать отправку запросов – отправка роботных запросов, то для этого вам лучше подойдет Яндекс.XML (http://xml.yandex.ru/), так как Поиск для сайта вам будет показывать в этих случаях капчу при отправке роботных запросов.
Если же вы все-таки хотите использовать сервис для пользователей, но какого-то функционала настройки вам не хватает, пожалуйста, напишите, что именно, мы посмотрим, сможем ли реализовать его.
На сайте есть свой поиск, но он иногда не все находит. Тогда критерий поиска передается в Яндекс-поиск с фильтрацией "только на своем сайте". Т.е., форма поиска Яндекса не нужна, т.к. вместо нее своя форма поиска на сайте. Полученные результаты без искажений (логотипы и копирайты Яндекса) отображаются на сайте в iframe. Поэтому и понадобился прямой get-запрос.
Вы можете добавить свою форму поиска, насколько я вижу, так сделано, например, тут: http://www.rg.ru/
Однако мы не можем гарантировать в этом случае работоспособность сервиса, так как это будут уже ваши настройки.
Со своей стороны мы постарались дать возможность полностью настраивать форму поиска (убирать логотип, настраивать и убирать подсказки, изменять цвет, шрифт и т.д.), и даже сняли вебинар о том, как это можно сделать: http://www.youtube.com/watch?v=KTA7JmLJ57c (6:40 - 8:40 - как раз про форму поиска). Думаю, лучше использовать именно этот вариант настройки при работе с формой поиска.